Biyokimyasal sınıflandırma, özellikle mikroorganizmaları metabolik ve enzimatik özelliklerine göre karşılaştırıp tanımlamada kullanılan fenotipik bir yaklaşımdır. Bakterilerin belirli maddeleri kullanması, fermantasyon ürünleri oluşturması veya belirli enzim etkinlikleri göstermesi laboratuvarda ayırt edici bulgular sağlayabilir. Bu yöntem, canlıların tümü için geçerli tek ve bağımsız bir sınıflandırma sistemi olarak değil, daha geniş tanımlama ve sınıflandırma çalışmalarının bir parçası olarak değerlendirilmelidir. [1][2]
Ölçütler ve uygulama
Bakterilerin gruplandırılmasında hücre biçimi ve Gram boyanma gibi özelliklerin yanı sıra, cins ve türleri ayırt etmek için fermantasyon tepkimeleri, beslenme gereksinimleri ve başka biyokimyasal özellikler kullanılabilir. Laboratuvarda, örneğin bir mikroorganizmanın belirli besinleri kullanıp kullanmadığı veya tanımlı bir metabolik tepki gösterip göstermediği incelenir. Sonuçlar çoğu zaman tek bir testten değil, birden fazla özelliğin birlikte oluşturduğu örüntüden çıkarılır. Test seçimi, incelenen organizmaya ve tanımlama amacına bağlıdır. [1][2]
Sınırlılıklar ve diğer kanıtlar
Benzer biyokimyasal profiller farklı mikroorganizmalarda görülebilir; bazı yakın akraba türler ise fenotipik testlerle güvenilir biçimde birbirinden ayrılamayabilir. Bu yüzden biyokimyasal bulgular her zaman kesin tür tanımlaması veya evrimsel akrabalık kanıtı sayılmaz. NCBI’nin tıbbi mikrobiyoloji kaynağı, bakteri tanımlamada morfolojik ve biyokimyasal testlerin gerektiğinde özel testlerle tamamlandığını, DNA dizisi gibi moleküler yöntemlerin de kullanılabildiğini belirtir. [1]
Mikroorganizma sınıflandırması; fenotipik verilerin yanı sıra genetik ve diğer moleküler kanıtları da kullanabilir. Genetik analiz ve kütle spektrometrisi gibi yöntemler bazı uygulamalarda geleneksel biyokimyasal tanımlamaların yerini almaktadır. Bu nedenle biyokimyasal sınıflandırma, yararlı bir karşılaştırma ve tanımlama aracı olmakla birlikte tek başına değişmez, evrensel bir taksonomi sağlamaz. [2]